尽管在第二次世界大战前，军情五处内部发生了重大变化，但各处的基本结构并未触动。它主要由局长、副局长、秘书处和其他七个处编成，每个处都有自己的字母代号，由一名处长领导，几名副处长和处长助理协助处长工作。这七个处分别是：行政处、反间谍处、保安处、军事联络处、外侨处、国外控制处、政党处。
反间谍处是军情五处最重要的一个部门。第一任领导人是贾珀·哈克准将，后来由盖伊·利德尔接替。该处下设许多科组，其中包括塔尔·罗伯逊的一科一组，主要对付德国间谍；一科三组，负责反破坏；五科一组和三组，负责反颠覆。同反间谍处有密切联系的是其他有关的情报单位，如休·特莱弗·罗伯所在的无线电保安局，在萨里的哈姆康芒审讯中心和邮政总局的信件截收队。反间谍处许多工作人员是在战争期间被破例征召录用的，由律师、学者、正规军人、记者以及一些游手好闲的人组成。
反间谍处在英国的重要工作基础是地区保安联络军官网，总共有12名地区保安联络官。他们与地区专员、当地驻军司令和警察局局长密切合作。艾伦·麦基弗上校领导整个联络网。狂风暴雨防卑鄙1680
军情五处在处理反间谍事务时一直都有一种被掣肘的感觉，那是因为英国法律没有授予军情五处拘捕权，它要拘捕间谍必须通过英国伦敦警察局或是别的警察部门，这样非常容易贻误战机，也确实给军情五处增添了许多麻烦。这种状况一直到现在也没有得到改变。
1945年5月，当第二次世界大战在欧洲结束时，军情五处着手减少活动，让大量的工作人员复员，这意味着它的巅峰时期已经过去了。
第六章 冷战前后的军情五处
第二次世界大战以后，军情五处的主要任务是清查英国共产党的活动和苏联间谍的渗透活动，这些行动让其内部出现了信任危机。特别是苏联支持德国建立“柏林墙”之后，情报来源被切断，一度使军情五处再次陷入危机之中。
另一方面，战后的军情五处也极大地受执政党的影响，特别是首相对它的信任程度决定了它是“膨胀”还是“萎缩”。这时的军情五处不再那么声名显赫，它随着大英帝国的衰败而有些不尽如人意。许多情况下还得依靠美国的情报机关才能进行有效的间谍活动。但是它高效的运作方式、缜密的组织机构、丰富的作战经验仍然是各国间谍不可小视的克星。
二战以后，西方的情报机构把注意力转移到冷战方面，军情五处也不例外。它当时的主要职责就是“反谍保安”，防止别国、特别是共产党国家的情报间谍活动。这一点和美国联邦调查局类似，但它不享有警察权力，不能进行人身搜查；如需搜查和逮捕，必须会同伦敦警察厅进行。
冷战结束后，军情五处的主要任务是打击国际国内的恐怖活动，包括爱尔兰共和军在国内进行的恐怖活动，防止英国核武器、化学武器及生物武器技术的扩散泄漏，调查国内工会以及其他“抗议组织”的政治活动，防范国外针对英国所从事的各种间谍活动。它依靠广泛的秘密情报人员进行窃听、监视、邮检等手段实施自己的职责。
一般情况下，军情五处仅在英国本土活动，遇有特殊情况或紧急情况，它也执行海外任务。总之，对军情五处来说，英国的国家利益是高于一切的。在两次世界大战之间，英国的情报机构不仅要对付由纳粹主义崛起引起的问题，而且还要对付爱尔兰民族主义问题。
冷战时期，情报部门和政治家之间的关系一直很紧张。其中一个具有讽刺意味的事件，就是英国首相威尔逊宣布他自己成了军情五处的监视目标。1947年10月，他发现有人进入他的家中，一些个人资料被窃，但是却没有发现任何破门而入的痕迹。此事发生后，他宣称自己成了军事五处的监视目标。他确信军情五处的右翼成员阴谋反对他，想让他下台。据说该阴谋与威尔逊对莫斯科的常规访问和他与苏联政党的联系有关。
14个月后，威尔逊令人吃惊地辞去了首相职务。
那时，不仅是威尔逊，很多威尔逊内阁的高级领导人都成了军情五处和美国中央情报局的监控目标。除此之外，在整个20世纪70年代，军情五处还通过它不断扩大的部门，监视公众人物、记者、教师、和平主义者、律师和内阁大臣。许多著名人物都成为它的监控目标。
对所谓的颠覆运动的跟踪持续了很多年，耗费了军情五处大量的人力物力，建立了数以百万计的档案。而与此同时，真正需要关注的地区却没有得到应有的注意。例如北爱尔兰，那里虽然需要进行大量的工作，但是在军情五处和其他情报机构（包括军情六处）的竞争中，那里却一直处于低效、管理混乱、错误迭出和自相残杀的状态中。当时曾有一次由军情五处领导的行动，其目的原本是揭露宗派主义杀手，但是由于假情报的干扰，最后竟变成针对工党政府部长们的行动。
到了20世纪80年代中期，英国社会普遍开始反对情报机构对人民进行的监视活动。然而，军情五处对普通市民的监控不仅没有减少，反而有愈演愈烈之势，它对通讯系统的监听也变得更加普遍。
自1909年成立以来，军情五处一共公布了100万份档案，涉及100万个人名。这些档案大部分是第二次世界大战之后建立起来的。但是，与世界其他地方积累的文件和数据相比较，这个数字还不算很大。在20世纪五六十年代，18万份二战以前的档案被销毁。1988年，还有约50万份档案作为调查目标保存在军情五处。这中间有4万份属于最高保密级别，以缩微胶片的形式保存，只有在特殊情况下有关官员才可以用口令读取这些资料。另外还有25万份档案也作为保密材料保存，但是军情五处的职员在目前工作中可以使用。
在20世纪60年代，因为以前的记录已被销毁，一些间谍案件的调查遇到了困难，所以英国政府采纳了对文件不作销毁处理的决定。即使如此，冷战结束后，经审查，仍有11万份档案被打上记号销毁，其中包括苏联和“华约”国家情报局试图从英国颠覆组织中招募间谍的行动。显然，在那个时期，英国有数以千计的人仍处于监视之下，其中包括当时的“核裁军运动”主席布鲁斯·肯特。
不仅如此，甚至连唐宁街10号也成了军情五处窃听的目标，并且闹出了一个英国版的“水门事件”。
军情五处窃听唐宁街10号与麦吉尼斯之间通话的惊人内幕被媒体曝光后，不亚于在英国政坛引爆了一枚原子弹。“新芬党”拿这件事大做文章，指责英国政府虽然表面上声称结束对“北爱共和军”成员的监视和秘密行动，但暗地里却继续对“新芬党”和“北爱共和军”成员不信任。
实际上，军情五处的任务正在变得更加艰巨。日益增多的恐怖分子使他们的工作变得更加忙碌。2007年11月5日，军情五处的负责人乔纳森·埃文斯说，英国的恐怖组织正在想方设法招募年轻人、甚至未成