九月十七，速水守久兵败被俘，小笠原忠清亲自押往伏见；傍晚，丰臣秀赖接受石田三成建议，开城投降，“菊节之变”平息；
九月十九，秀保遵守约定。下令赦免丰臣秀赖，然越前三藩及安昙藩遭到废藩，除了速水守久外，其余三位藩主全都阵亡，秀保故不予追究，允许秀赖招募速水为家臣俸禄两千石；石田三成返回水户；
九月二十二，秀保与秀赖密谈至深夜；
九月二十三，秀保决定将和泉国封给秀赖庶长子国松（堺港仍属幕府直辖），知行十一万石，居城岸和田。后世称为“岸和田藩”；
十二月八日，奉秀保之命，以心崇传和藤堂高虎拟定《武家诸法度》以及《禁中并公家诸法度》，以约束大名和公卿，这被后世认为是强化幕府权力的一项重要举措。
庆长二十一年（1616年）
三月初，努尔哈赤于赫图阿拉建国，定都赫图阿拉，史称“后金”，秀保闻讯。立即遣人往赴北京，提醒大明提早应对，然明神宗认为女真恭顺，而倭人非大明子民。有意挑拨，遂对秀保的提醒置之不理；秀保深感大明大难将至，遂于任那动员军势三万，派遣福岛、那须等猛将前往训练。以备万全；
五月二十二，德川家康病逝，秀保命史官为其立传。由于感慨天下已定，战国时代彻底终结，秀保奏请朝廷，明年改年号为“永宁”，以祈求天下安宁；
七月十七，秀保侧室菊亭持子难产而死，秀保撰文哀悼；
十一月三日，面对基督教的蔓延，秀保决定贯彻丰臣秀吉时代的《伴天连追放令》，驱逐外国传教士出境并且将传教与南蛮贸易严厉区分开来，对信仰基督教的大名进行限制，希望他们放弃基督教信仰；同时加强神佛习合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影响。
永宁元年（1617年）
七月十六，芳春院病逝。
八月初，秀保自觉天下已定，为避免重蹈德川幕府覆辙，决定加强中央集权，先后颁布《一城一国令》、《王土奉还令》和《推恩令》，史称“永宁三令”，准备逐渐削弱地方大名权力，实现中央集权；
九月十五日，后阳成天皇病逝，秀保举荐原丰臣秀吉养子、后阳成之弟八条宫智仁亲王为天皇，是为后水尾天皇；
十月十三日，不满秀保政策的山形藩主最上义亲（兄弟矛盾尖锐）、仙台藩主伊达政宗（子嗣众多）以及佐土原藩主岛津忠恒（两者皆有）等十余家大名联合抵制，并动员领内军备不惜与秀保一战，史称“丁巳之乱”；石田三成奔走劝告，甚至丰臣秀赖出马亦没有太大缓和；秀保对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，另一方面利诱大名家中的支持者（如庶长子和兄弟等），从内部分化反对势力；
十月二十八日，最上义亲三弟清水义清于米泽城起兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜领兵呼应；伊达政宗庶子也于当夜刺杀伊达政宗于仙台本丸，伊达家陷入混乱；
十一月三日，最上义亲兵败自杀，秀保以清水义清为最上氏家督，继承山形十五万石，仍称山形藩，四弟山野边义忠继承米泽周边十二万石，是为米泽藩，庄内、由利等领地纳入天领，秀保派专人管理；
十一月五日，伊达政宗次子打开仙台城门，迎接蒲生、宇都宫军进城，按照《推恩令》及《王土奉还令》，秀保将仙台藩六十八万石分成五份，其中天领二十万石，政宗四子瓜分剩余四十八万石；
十一月中，反对大名相继被害或投降，十余藩被肢解至四十藩，仅剩岛津忠恒不愿投降；
十一月二十日，岛津义弘召开评定，废黜忠恒家督之位，开城迎接丰臣军；秀保将佐土原藩肢解为三家，并没收西大隅为天领，“丁巳之乱”平息。
永宁二年（1618年）
四月中，努尔哈赤以“七大恨”起兵，率军两万攻打抚顺城，后金大胜，连下东州﹑马根单﹑抚顺三城，俘获人畜三十余万；
七月中，努尔哈赤又亲领大军从鸦鹘关入明，攻破了清河城，副总兵邹储贤所部明军被歼；
七月二十一，岛津义弘病逝，其领地被纳为天领；
八月初，秀保得知明军惨败，派遣长子河内光国及藤堂高虎往赴北京，提醒万历帝万不可轻视女真，万历帝是才感慨秀保之忠，听从秀保建议，加强边防，关闭榷场，避免重蹈覆辙，同时决定召集明军、女真叶赫部及日本任那驻军共计十二万攻打后金都城赫图阿拉；与此同时，秀保动员军士两万，准备于图们登陆，百里奔袭，从背后偷袭赫图阿拉；
永宁三年（1619年）
二月中，由于秀保战前之建议，联军步步为营，刘挺也未如历史上那般贪功冒进，而是效仿努尔哈赤“任尔几路来，我只一路去”的战略方针，采取碾压堡垒式作战方案，逐步向赫图阿拉靠拢；与此同时，岛清兴从图们登陆，与背后袭扰后金军，使得努尔哈赤首尾不得兼顾，伤亡惨重；
三月初一，明军复克抚顺、清河；岛清兴于东州击杀皇太极；
三月初四，明军完成对赫图阿拉包围；
三月初八，红夷大炮运抵，全城被夷为平地；
三月初九，努尔哈赤开城，爱新觉罗一族被屠，后金灭亡；叶赫部大肆屠杀后金遗臣；
三月二十日，应秀保建议，大明决定加强对东北的控制，迁徙内地汉人往东北居住；此后十五年间，东北汉人飙升至五百万，足迹遍及外兴安岭和库页岛；
四月初十，为表秀保之功，万历帝宣布以亲王之礼待之，取消勘合贸易，准许两国自由贸易；
五月初十，秀保亲往北京觐见万历帝，万历帝破例召见，秀保以一秘密告之，帝大惊，两人彻夜长聊。（未完待续。。）
ps： 有关消灭后金那一段可能有些唐突，具体到时候可能会有所改变，还请大家多多提意见！
大纲（永宁三年五月至今）大结局
五月十二，秀保准备返回日本，万历帝挽留，秀保婉拒，帝遂遣百官送至城外，实乃尊贵至极；
五月十三，阔别二十年后，万历帝决定上朝，一改荒怠，励精图治，朝堂上下无不惊喜万分；
六月中，万历帝决心整顿吏治，治理朝堂党争，同时安抚流民，休养生息，重开海禁，鼓励海外贸易，加强对西方知识的学习和自主创新；这一系列大刀阔斧的改革一直持续到五年后万历帝病逝，史称“万历新政”；
八月初，万历帝敕封秀保为日本国王，同时按照国内亲藩为之定号“和王”，位同朱氏亲藩，朝臣多有上疏反对者，然帝异常坚决，百官只得奉诏；
十月中，万历帝于京师为秀保修建和王府，另配备杂役府兵千余人，邀秀保每三年来京居住三月，秀保遣嫡子河内满国赴京谢恩，帝赏金百两，绸缎百匹；
十二月初，应秀保之请，万历帝派遣儒学大家及门生百余人渡海赴日本讲学，秀保于每律令国兴建儒学馆一所，要求各家大名子弟入馆修学，每三年遣派品学兼优者五十人赴大明国子监深造，并且指明优先选派嫡子前往；此举被后世认为是强化明日交流和文化同化的开始；
四年（1620）
三月二十三日，水户藩主石田三成不顾身患重病，执意前往伏见觐见秀保，在得到秀保“扶持秀赖成为关白”的承诺后溘然长逝，秀保感慨秀吉时代的老臣一一辞世，悲怆之中作和歌一首寄托哀思；
五月中，丰臣秀赖晋升为右大臣，河内满国晋升从三位大纳言，河内光国晋升正四位中纳言，秀保辞去左大臣之职。外界认为这是为秀赖晋升关白做准备；
十月初，后水尾天皇驾临伏见，希望秀保担任太政大臣，秀保担忧引起秀赖不满，再次拒绝；藤堂高虎得知此事，暗中招来岛清兴和后藤基次商议；
十一月三日，藤堂高虎将家督之位传予藤堂高次，自己前往伏见居住，与秀保诸子往来密切；
五年1621
四月初五，大阪一带发生地震。波及京都和伏见，京都御所因此受损，多名女官及大臣罹难，后水尾天皇幼子因惊吓过度，在逃难途中夭折；秀保遣人将皇族接往伏见暂住，天皇深感其忠；
四月初八，天皇率众返回御所，傍晚，众人于御所后花园废墟中发现一块奇石。上以血书“清源归流”，侍女报之天皇，天皇不得解，乃请阴阳寮之阴阳师土御门一族前来查探；
四月初九。阴阳师告知天皇，“清源”寓意“清和源氏”，“归流”乃是回归“主流”之意，综观之。乃是上天告诫天皇，应该让清和源氏回归皇室；天皇仍对之前丧子等氏心有余悸，遂对阴阳师之言深以为是。然清和源氏众多，应该如何做，天皇不得解；此时阴阳师告诉天皇，清和源